Tỉnh Sơn La hiện có mạng lưới sông hồ rất thuận lợi cho giao thông đường thủy, phục vụ phát triển kinh tế - xã hội nội tỉnh và giao thương đường thủy với các tỉnh Tây Bắc, với tổng chiều dài trên 500 km gồm 2 tuyến chính là sông Đà và sông Mã. Tuy tiềm năng lớn, nhưng hệ thống giao thông thủy của Sơn La vẫn còn bỏ ngỏ.
Kể từ khi hồ thủy điện Sơn La tích nước (5/2010), tỉnh Sơn La có thêm tuyến giao thông thủy với chiều dài trên 200 km nối từ thị trấn Ít Ong, huyện Mường La, tỉnh Sơn La với thị xã Mường Lay (huyện Điện Biên) phía thượng lưu sông Đà và một số huyện của tỉnh Lai Châu. Thêm nữa, hồ thuỷ điện Hoà Bình (còn gọi là hồ Sông Đà) có chiều dài 203 km từ đập thủy điện Hòa Bình đến cảng Tạ Bú, huyện Mường La (Sơn La) rất thuận lợi cho việc phát triển vận tải thủy. Hồ Hòa Bình là tuyến đường sông có chiều dài đứng thứ nhì miền bắc (tuyến sông dài nhất là sông Hồng tính từ ngã ba Nậm Thi – Lao Cai đến phao số 0 cửa Ba Lạt dài 544 km) và là tuyến đường thủy trên hồ nhân tạo dài nhất Việt Nam vào thời điểm này.
Có lợi thế là vậy nhưng thời gian qua, hệ thống đường thủy tại Sơn La vẫn chưa được các đơn vị chức năng khai thác và tận dụng triệt để. Ông Nguyễn Lê Minh, Phó Giám đốc Sở Giao thông Vận tải Sơn La, cho biết: hiện trên hồ thủy điện Hòa Bình (thuộc địa phận tỉnh Sơn La) có 3 cảng chính: Tạ Bú (công suất bốc dỡ 1 triệu m3/năm), cảng Tà Hộc và cảng Vạn Yên. Riêng cảng Tà Hộc được đưa vào khai thác từ năm 2004. Hiện nay, cảng Tà Hộc (huyện Mai Sơn) ngoài việc phục vụ bốc xếp nông, lâm sản còn phục vụ bốc dỡ thiết bị siêu trường, siêu trọng của nhà máy thuỷ điện Sơn La. Hồ Hòa Bình thuộc địa phận tỉnh Sơn La hiện có khoảng 200 phương tiện tải thuỷ có trọng tải 20 tấn trở lên, trên 2.300 thuyền, xuồng máy trọng tải dưới 5 tấn do dân tự đóng đang lưu hành trên hồ. Dọc theo tuyến hồ Hòa Bình từ Bến Khủa (xã Song Khủa, huyện Mộc Châu) đến Tạ Bú, huyện Mường La có trên 20 điểm chợ phiên ven hồ. Tuy nhiên, nhiều điểm chợ này chưa có sự đầu tư thỏa đáng, chợ phần đa là tự phát do nhu cầu trao đổi hàng hoá của các cư dân ven hồ. Điều đáng quan tâm là hầu hết các chủ tàu, thuyền, lái thuyền đều chưa được đào tạo, cấp chứng chỉ của ngành chức năng, trong khi có nhiều lái thuyền đã hành nghề vận tải khách gần chục năm nay trên các bến hồ thủy điện Hòa Bình.
Theo Quy hoạch phát triển giao thông vận tải giai đoạn 2011 - 2020 của tỉnh Sơn La, mạng lưới giao thông đường thủy sẽ được mở rộng luồng tuyến, đầu tư hệ thống báo hiệu để khai thác vận tải thuỷ; xây dựng mới các cảng phục vụ vận chuyển thiết bị siêu trường - siêu trọng, khai thác có hiệu quả các cảng hiện có trên lòng hồ thủy điện Hòa Bình, phát triển thêm các cảng phục vụ vận tải trên lòng hồ thủy điện Sơn La và tham quan du lịch trên hồ Sông Đà. Các bến chợ, bến đò ngang tại các chợ đầu mối ven sông, các điểm tập trung hàng hoá cũng sẽ được khai thác, phục vụ đồng bào các dân tộc đang sinh sống ven hồ.
Để phát huy tiềm năng của hệ thống giao thông đường thủy thời gian tới, Sơn La đặc biệt chú trọng tới vùng lòng hồ thủy điện Hòa Bình và thủy điện Sơn La. Tỉnh sẽ tổ chức phát triển các tuyến vận tải hành khách hàng hóa và các tuyến du lịch sinh thái. Sở Giao thông Vận tải có kế hoạch đào tạo thuyền viên để cấp chứng chỉ chuyên môn và bằng thuyền trưởng hạng 3 cho các cư dân hiện đang hành nghề vận tải thủy trên hồ.
Trong quy hoạch, tỉnh Sơn La dành ngân sách thích đáng để cải tạo nâng cấp các cảng hiện có tại Vạn Yên, Tà Hộc, Tạ Bú, đồng thời xây dựng mới 2 bến cảng bốc xếp hàng hoá tại Chiềng Hoa, Pá Uôn và 4 bến cảng chuyên dùng phục vụ khai thác chế biến khoáng sản tại Đá Đỏ, Tân Hợp, Tường Hạ, Suối Bàng. Về quy hoạch cảng vận tải khách, Sơn La xây dựng thêm 2 cảng hành khách tại Tạ Bú (huyện Mường La), Pá Uôn (huyện Quỳnh Nhai) và 19 bến khách ngang sông tại các trung tâm xã, cụm dân cư dọc sông.